中药学院
上海中医学院中药系建立于1972年，1996年更名为中药学院。学院秉持“三全育人”“五育并举"，以一流学科引领一流人才培养体坚持以教学科研为中心，实施产学研一体化的办学模式，培养一流中药专门人才。建院五十余载，薪火相传，巳为国家培养了大量各层次中医药专门人才，其中许多人已成为各级各类医药企事业单位的骨干力量。学院拥有一流师资，现有教学科研人员近百人，其中硕士以上学历教师达全院教职工总人数90%以上，博士学历教师占比近70%。2021年至今，学院已发表科研论文200余篇，其中影响因子大于10的18篇。获得国家级教学成果二等奖一项，上海市科学技术进步二等奖1项等。
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中药研究所
上海中医药大学/上海市中医药研究院中药研究所于1985年成立,为专门从事现代中药基础与应用研究之独立科研部门。中国工程首批院士胡之璧教授为创所所长。中药研究所以继承、发展、创新为宗旨，以国家中药现代化、国际化重大需求为使命，在生物技术与中药资源可持续利用、中药品质与功能评价、中药药效物质基础与作用机理、创新中药研发等方向开展重点研究。中药研究所目前有专任教师50余人，博士生导师14人，硕士生导师24人，院士2人，国家基金委杰青2人，国家万人计划领军人才1人，国家基金委优青3人，国家岐黄学者1人，国家青年岐黄学者2人，教育部新世纪人才4人，上海市东方学者1人，上海市浦江学者4人，上海市优秀学术带头人4人，上海市曙光学者5人，上海市科技启明星8人，已经建立了一支在国内外享有较高学术影响力的师资队伍。
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交叉科学研究院
上海中医药大学交叉科学研究院成立于2016年。研究院致力于中医药学与生命医学相关学科的交叉融合，旨在通过发挥多学科交叉和人才聚集优势，打造面向国际、国内一流的中医药多学科交叉和生物医学前沿研究的系列平台。学院目前有专任教师70余人，其中正高级职称教师47人，已经建立了一支在国内外享有较高学术影响力的师资队伍。近五年来，研究院先后承担国家重点研发计划中医药现代化专项、重大新药创制专项、国家自然科学基金、中国博士后科学基金等国家级和省部级科研课题100余项，横向合作课题50余项，总经费达到1.5亿元。近五年，研究院共发表学术论文800余篇，其中SCI收录论文650余篇(含IF>10.0的高水平论文60余篇)。
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创新中药研究院
上海中医药大学创新中药研究院成立于2018年，整合了手性药物研究中心(早期药物分子发现和改造)、中药现代制剂技术教育部工程研究中心(药物制剂研发)、药物安全评价研究中心(临床前药理、毒理研究)等机构，形成新药研发的全过程链条。学院目前有教职工90余人，其中正高级职称教师13人，硕、博导师共30人。近五年来，研究院先后承担国家重点研发计划“生物与信息融合”重点专项、国家自然科学基金、中国博士后科学基金、上海市中央引导地方科技发展资金重大项目等各级科研课题84项，横向合作课题110余项，总经费超9500万元，另有多项成果转化总额超1.5亿元。近五年，研究院SCI收录论文180余篇(含IF>10.0的高水平论文18篇)，获得发明专利授权27项。
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